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Océan Indien

Le variant Omicron nettement moins contagieux que le Delta

5 déc 2021 | PAR Alain Foulon
L’analyse moléculaire effectuée par Jacques Fantini, professeur de biochimie à l’Université d’Aix-Marseille, laisse penser que le variant Omicron ne supplantera pas le Delta.
Le variant Omicron a déclenché un nouveau vent de folie sur le monde et des restrictions dans les déplacements aériens qui pénalisent Maurice et les pays d’Afrique Australe dont l’Afrique du Sud qui l’a découvert. Et pourtant, il se révèle nettement moins contagieux que le Delta.

L’Afrique du Sud se sent punie alors qu’elle a apporté au monde entier sa contribution en identifiant le variant Omicron du nom de la 15e lettre de l’alphabet grec (il en reste neuf avant d’arriver au bout). En effet, les dessertes aériennes de l’Afrique australe avec plusieurs pays, en particulier la France, ont été suspendues. À Maurice, pour le secteur touristique, c’est la douche froide alors que le pays avait ouvert ses frontières le 1er octobre en supprimant la quarantaine de deux semaines pour les voyageurs vaccinés et testés négatifs avant leur départ et une deuxième fois à leur arrivée. Les réservations de séjours pour la fin de l’année redonnaient de l’espoir aux hôteliers et autres acteurs du secteur de voir enfin émerger une reprise après 19 mois de crise. Et l’on a du mal à encaisser la décision français alors que l’Hexagone demeure le premier marché émetteur de touristes.
L’Occident applique les mêmes recettes que pour le variant Delta alors qu’elles ne l’ont pas empêché de circuler. C’est d’autant plus difficile à comprendre que les dernières analyses indiquent que le variant Omicron est nettement moins contagieux que le Delta. De plus, il est confirmé que les variants sont moins dangereux que le virus initial.
Jacques Fantini, professeur de biochimie à l’Université d’Aix-Marseille, a publié sur sa page Linkedin les résultats de son analyse moléculaire. Voici ce qu’il nous explique :
« Afin d’en savoir plus sur sa contagiosité, j’ai appliqué à ce variant l’analyse du T-index (index de transmissibilité) qui m’avait permis, dès l’apparition du variant Delta en avril dernier, d’anticiper son expansion au niveau mondial ( voir ici : https://lnkd.in/dnSDgQv ).
·      Cet index prend en compte l’interaction du domaine NTD avec les rafts de la cellule hôte, l’interaction du domaine RBD avec le récepteur ACE-2, et le potentiel électrostatique de surface qui révèle la vitesse d’attraction du virus à la cellule cible.
·      La prédominance du variant Delta s’explique, au niveau du virus, par sa valeur très élevée de son T-index : 10,67. Par comparaison, le T-index de la souche initiale (Wuhan) a un T-index de 2,16. On peut donc extrapoler que le variant Delta est environ 5 fois plus transmissible que la souche de départ.
·      Le calcul effectué pour le variant Omicron donne un T-index = 3,90. Il est donc a priori moins transmissible que Delta, qui reste à ce jour le variant possédant le T-index le plus élevé.
·      Une analyse détaillée de la protéine Spike du variant Omicron suggère que cette avalanche de mutations n’obéit à aucune logique de sélection, mais plutôt à une absence de contrôle immunologique (patient immunodéprimé ?) et/ou à des traitements antiviraux pouvant favoriser l’apparition de mutations.
·      L’affinité du RBD d’Omicron pour ACE-2 est diminuée par rapport à tous les autres variants analysés à ce jour, sans doute la conséquence de cette accumulation de mutations dans le RBD (>10 !)
·      Le succès de Delta tient à l'évolution concomitante du NTD et du RBD avec seulement 2 mutations dans chaque domaine. Pour Omicron, les mutations vont dans tous les sens, sans logique particulière, certaines s’annihilent mutuellement.
·      Les profils mutationnels du NTD et du RBD suggèrent que les anticorps neutralisants auront une activité très faible sur ce variant.
·      En revanche, l’épitope facilitant du NTD (épitope ADE) est également détruit par les réarrangements de la protéine Spike d’Omicron, ce qui souligne encore l’absence de logique dans ce profil mutationnel exacerbé.
·      Conclusion : cette analyse du variant Omicron laisse penser que ce variant ne supplantera pas le Delta.
·      N’oublions pas l'importance des interactions virus-hôte. Le polymorphisme du récepteur ACE-2 pourrait par exemple permettre des percées régionales du variant Omicron (ce fut le cas avec le variant B.1.351, qui s'est répandu en Afrique australe, mais pas en Europe).
·      Dans tous les cas, les gestes barrière restent incontournables pour tous. »
 

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